お知らせ ゴールデンウィークに付き4/29(木)~5/9(日)までにいただきましたお問合わせにつきましては5/10(月)以降順次対応いたします。何卒ご了承ください。

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Aug

22

ENCODE3勉強会

Organizing : 尾崎遼(筑波大)、松本拡高(長崎大)、福永津嵩(東大)

Registration info

発表者枠

Free

FCFS
17/17

聴講者枠

Free

FCFS
176/180

参加者への情報
(参加者と発表者のみに公開されます)

Description

はじめに

2020/07/29に発表されたENCODE 3 について論文読み会を開催します。

ENCODEは2003年に開始された、ヒト及び代表的なモデル生物のゲノムにおける機能エレメントを網羅的に発見・理解することを目標としたプロジェクトであり、ENCODE 3ではNature本誌・姉妹誌に17本の論文が掲載されました。(Genome Researchなど他誌に掲載されたAdditional Paperを含めれば30本に上ります。)

https://www.nature.com/collections/dggcchgghg

本勉強会では、Additional Paperを除く17本の論文を皆で読み合うことで、ENCODE 3の概要を理解し、自分の研究に生かすことを目的としています。

タイムテーブル

時間 発表者 紹介論文タイトル
Session 1 座長: 福永 (東大)
13:00 福永 (東大) 趣旨・注意事項説明
13:05 岩崎 (東大) 01:Perspectives on ENCODE (Nature)
13:20 尾崎 (筑波大) 02:Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes (Nature)
13:35 田口 (中大) 03: Spatiotemporal DNA methylome dynamics of the developing mouse fetus (Nature)
13:50 小田 (慶大) 04:An atlas of dynamic chromatin landscapes in mouse fetal development (Nature)
14:05 前原 (九大) 05:The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution (Nature)
14:20 伊東 (東大) 06:Transcriptional activity and strain-specific history of mouse pseudogenes (Nature Communications)
14:35-45 休憩
Session 2 座長: 尾崎 (筑波大)
14:45 福永 (東大) 07:A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins (Nature)
15:00 小嶋 (名大) 08:Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell type (Nature)
15:15 梶谷 (東工大) 09:Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome (Nature)
15:30 難波 (阪大) 10:Global reference mapping of human transcription factor footprints (Nature)
15:45 松本 (長崎大) 11:Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites (Nature)
16:00 白石 (がんセンター) 12:An integrative ENCODE resource for cancer genomics (Nature communications)
16:15-25 休憩
Session 3 座長: 松本 (長崎大)
16:25 石黒 (東大) 13:Systematic identification of silencers in human cells (Nature genetics)
16:40 松谷 (早大) 14:Allele-specific binding of RNA-binding proteins reveals functional genetic variants in the RNA (Nature communications)
16:55 高橋 (埼大) 15:Regulation of RNA editing by RNA-binding proteins in human cells (Communications Biology)
17:10 小嶋 (理研) 16:Supervised enhancer prediction with epigenetic pattern recognition and targeted validation (Nature Methods)
17:25 粕川 (理研) 17:Detecting sample swaps in diverse NGS data types using linkage disequilibrium (Nature Communications)
17:40 松本 (長崎大) Closing、Zoom懇親会のお知らせ

日時・場所

日時: 2020/08/22 13:00~ 場所:オンライン会議(Zoom予定)、参加者にIDとパスワードを通知

発表希望の方へのお願い

発表希望の方は必ず発表者枠で参加登録をお願いします。

参加登録の後、読みたい論文を上記のWebページから選んで下のコメント欄に書き込んでください。また、論文は先着順とさせていただきますので、既にコメントに書かれている論文ではないものをお選びください。 対象となる論文は、ArticlesまたはPerspectivesの論文です。今回は、Additional Paperについては取り扱いませんので選択しないでください。08/10に発表スケジュールを確定させたいと思いますので、それまでに発表申し込みをお願いします。

発表の準備

発表の際には、以下のことに注意していただけると良いと思います。 発表時間が限られていますので、可能な限り詳細は省き、エッセンスのみを発表するようにしてください。発表時間は質疑応答を含めて15分ですので、スライドは12分を目安に作成してくださる様お願いいたします。この論文のどこがすごいのかに絞って説明していただけるとわかりやすいです。 詳細については、発表を聞いて興味をもった聴講者が自身で論文を読んでください、というスタンスで結構です。

終了後の交流会について

論文読み会終了後には、オンライン飲み会(ZoomまたはSpatialChat)を企画しておりますので、よろしければこちらもご参加ください。

Feed

Numb_Ver_3

Numb_Ver_3さんが資料をアップしました。

08/21/2020 22:08

Yh_Taguchi

Yh_Taguchiさんが資料をアップしました。

08/17/2020 09:10

tkasukawa

tkasukawa wrote a comment.

2020/08/02 21:12

"Detecting sample swaps in diverse NGS data types using linkage disequilibrium"

iwasakiw

iwasakiw wrote a comment.

2020/08/02 17:18

Perspectives on ENCODE!

tomokotakahas

tomokotakahas wrote a comment.

2020/08/01 15:35

高橋朋子(埼玉大学)です。"Regulation of RNA editing by RNA-binding proteins in human cells"を担当します。

yuifu

yuifu wrote a comment.

2020/07/31 18:50

すみません、記名を忘れていました。筑波大の尾崎です。

friend1ws

friend1ws wrote a comment.

2020/07/31 18:19

がんセンターの白石です。 An integrative ENCODE resource for cancer genomics を読みます。

ShoheiKojima

ShoheiKojima wrote a comment.

2020/07/31 17:44

小嶋(理研)です。Supervised enhancer prediction with epigenetic pattern recognition and targeted validation を希望します

tiisaishima

tiisaishima wrote a comment.

2020/07/31 14:45

すみません、かぶってしまいました。Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell typeに変更させていただければと思います。

tiisaishima

tiisaishima wrote a comment.

2020/07/31 13:55

Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome

tiisaishima

tiisaishima wrote a comment.

2020/07/31 13:55

名大の小嶋です。

kajivalley

kajivalley wrote a comment.

2020/07/31 12:43

Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome を希望です。東工大 梶谷

kazumits

kazumits wrote a comment.

2020/07/31 12:02

The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution 読みます(九大・前原)

soh__i

soh__i wrote a comment.

2020/07/31 08:06

https://www.nature.com/articles/s41588-020-0578-5 Systematic identification of silencers in human cells を解説します (石黒)

ItoJumpei

ItoJumpei wrote a comment.

2020/07/30 22:53

申し訳ありません、記名を忘れていました。東大医科研の伊東です。

ItoJumpei

ItoJumpei wrote a comment.

2020/07/30 22:02

Transcriptional activity and strain-specific history of mouse pseudogenes

TaroMatsutani

TaroMatsutani wrote a comment.

2020/07/30 21:58

"Allele-specific binding of RNA-binding proteins reveals functional genetic variants in the RNA"を読みます。 早稲田大 松谷

Numb_Ver_3

Numb_Ver_3 wrote a comment.

2020/07/30 21:42

"Global reference mapping of human transcription factor footprints"を読みます。 阪大 難波

edamame0811

edamame0811 wrote a comment.

2020/07/30 21:20

An atlas of dynamic chromatin landscapes in mouse fetal development おだ@慶應

yuifu

yuifu wrote a comment.

2020/07/30 21:00

Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

Yh_Taguchi

Yh_Taguchi wrote a comment.

2020/07/30 20:28

”Spatiotemporal DNA methylome dynamics of the developing mouse fetus”を読みます。

fukunagaTsu

fukunagaTsu wrote a comment.

2020/07/30 20:09

"A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins"を読みます。福永@東大

gggtta

gggtta wrote a comment.

2020/07/30 20:08

Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites を読みます。 長崎大 松本

fukunagaTsu

fukunagaTsu wrote a comment.

2020/07/30 19:51

発表希望参加者の方はこちらに論文タイトルをお書きください。

fukunagaTsu

fukunagaTsu published ENCODE3勉強会.

07/30/2020 19:49

ENCODE3勉強会 を公開しました!

Ended

2020/08/22(Sat)

13:00
18:00

Registration Period
2020/07/30(Thu) 19:49 〜
2020/08/07(Fri) 16:30

Location

(場所未定)

Attendees(193)

fukunagaTsu

fukunagaTsu

ENCODE3勉強会 に参加を申し込みました!

gggtta

gggtta

ENCODE3勉強会 に参加を申し込みました!

yuifu

yuifu

I joined ENCODE3勉強会!

Yh_Taguchi

Yh_Taguchi

ENCODE3勉強会 に参加を申し込みました!

edamame0811

edamame0811

ENCODE3勉強会に参加を申し込みました!

ItoJumpei

ItoJumpei

ENCODE3勉強会に参加を申し込みました!

Numb_Ver_3

Numb_Ver_3

ENCODE3勉強会 に参加を申し込みました!

TaroMatsutani

TaroMatsutani

ENCODE3勉強会 に参加を申し込みました!

soh__i

soh__i

ENCODE3勉強会に参加を申し込みました!

kazumits

kazumits

The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution (九大・前原)

Attendees (193)

Canceled (4)