Aug
22
ENCODE3勉強会
Organizing : 尾崎遼(筑波大)、松本拡高(長崎大)、福永津嵩(東大)
| Registration info |
発表者枠 Free
FCFS
聴講者枠 Free
FCFS
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|---|---|
| 参加者への情報 |
(参加者と発表者のみに公開されます)
|
Description
はじめに
2020/07/29に発表されたENCODE 3 について論文読み会を開催します。
ENCODEは2003年に開始された、ヒト及び代表的なモデル生物のゲノムにおける機能エレメントを網羅的に発見・理解することを目標としたプロジェクトであり、ENCODE 3ではNature本誌・姉妹誌に17本の論文が掲載されました。(Genome Researchなど他誌に掲載されたAdditional Paperを含めれば30本に上ります。)
https://www.nature.com/collections/dggcchgghg
本勉強会では、Additional Paperを除く17本の論文を皆で読み合うことで、ENCODE 3の概要を理解し、自分の研究に生かすことを目的としています。
タイムテーブル
| 時間 | 発表者 | 紹介論文タイトル |
|---|---|---|
| Session 1 座長: 福永 (東大) | ||
| 13:00 | 福永 (東大) | 趣旨・注意事項説明 |
| 13:05 | 岩崎 (東大) | 01:Perspectives on ENCODE (Nature) |
| 13:20 | 尾崎 (筑波大) | 02:Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes (Nature) |
| 13:35 | 田口 (中大) | 03: Spatiotemporal DNA methylome dynamics of the developing mouse fetus (Nature) |
| 13:50 | 小田 (慶大) | 04:An atlas of dynamic chromatin landscapes in mouse fetal development (Nature) |
| 14:05 | 前原 (九大) | 05:The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution (Nature) |
| 14:20 | 伊東 (東大) | 06:Transcriptional activity and strain-specific history of mouse pseudogenes (Nature Communications) |
| 14:35-45 | 休憩 | |
| Session 2 座長: 尾崎 (筑波大) | ||
| 14:45 | 福永 (東大) | 07:A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins (Nature) |
| 15:00 | 小嶋 (名大) | 08:Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell type (Nature) |
| 15:15 | 梶谷 (東工大) | 09:Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome (Nature) |
| 15:30 | 難波 (阪大) | 10:Global reference mapping of human transcription factor footprints (Nature) |
| 15:45 | 松本 (長崎大) | 11:Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites (Nature) |
| 16:00 | 白石 (がんセンター) | 12:An integrative ENCODE resource for cancer genomics (Nature communications) |
| 16:15-25 | 休憩 | |
| Session 3 座長: 松本 (長崎大) | ||
| 16:25 | 石黒 (東大) | 13:Systematic identification of silencers in human cells (Nature genetics) |
| 16:40 | 松谷 (早大) | 14:Allele-specific binding of RNA-binding proteins reveals functional genetic variants in the RNA (Nature communications) |
| 16:55 | 高橋 (埼大) | 15:Regulation of RNA editing by RNA-binding proteins in human cells (Communications Biology) |
| 17:10 | 小嶋 (理研) | 16:Supervised enhancer prediction with epigenetic pattern recognition and targeted validation (Nature Methods) |
| 17:25 | 粕川 (理研) | 17:Detecting sample swaps in diverse NGS data types using linkage disequilibrium (Nature Communications) |
| 17:40 | 松本 (長崎大) | Closing、Zoom懇親会のお知らせ |
日時・場所
日時: 2020/08/22 13:00~ 場所:オンライン会議(Zoom予定)、参加者にIDとパスワードを通知
発表希望の方へのお願い
発表希望の方は必ず発表者枠で参加登録をお願いします。
参加登録の後、読みたい論文を上記のWebページから選んで下のコメント欄に書き込んでください。また、論文は先着順とさせていただきますので、既にコメントに書かれている論文ではないものをお選びください。 対象となる論文は、ArticlesまたはPerspectivesの論文です。今回は、Additional Paperについては取り扱いませんので選択しないでください。08/10に発表スケジュールを確定させたいと思いますので、それまでに発表申し込みをお願いします。
発表の準備
発表の際には、以下のことに注意していただけると良いと思います。 発表時間が限られていますので、可能な限り詳細は省き、エッセンスのみを発表するようにしてください。発表時間は質疑応答を含めて15分ですので、スライドは12分を目安に作成してくださる様お願いいたします。この論文のどこがすごいのかに絞って説明していただけるとわかりやすいです。 詳細については、発表を聞いて興味をもった聴講者が自身で論文を読んでください、というスタンスで結構です。
終了後の交流会について
論文読み会終了後には、オンライン飲み会(ZoomまたはSpatialChat)を企画しておりますので、よろしければこちらもご参加ください。
Feed
08/21/2020 22:08
08/17/2020 09:10
2020/08/02 21:12
"Detecting sample swaps in diverse NGS data types using linkage disequilibrium"
2020/08/02 17:18
Perspectives on ENCODE!
2020/08/01 15:35
高橋朋子（埼玉大学）です。"Regulation of RNA editing by RNA-binding proteins in human cells"を担当します。
2020/07/31 18:50
すみません、記名を忘れていました。筑波大の尾崎です。
2020/07/31 18:19
がんセンターの白石です。 An integrative ENCODE resource for cancer genomics を読みます。
2020/07/31 17:44
小嶋(理研)です。Supervised enhancer prediction with epigenetic pattern recognition and targeted validation を希望します
2020/07/31 14:45
すみません、かぶってしまいました。Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell typeに変更させていただければと思います。
2020/07/31 13:55
Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome
2020/07/31 13:55
名大の小嶋です。
2020/07/31 12:43
Landscape of cohesin-mediated chromatin loops in the human genome を希望です。東工大 梶谷
2020/07/31 12:02
The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution 読みます（九大・前原）
2020/07/31 08:06
https://www.nature.com/articles/s41588-020-0578-5 Systematic identification of silencers in human cells を解説します (石黒)
2020/07/30 22:53
申し訳ありません、記名を忘れていました。東大医科研の伊東です。
2020/07/30 22:02
Transcriptional activity and strain-specific history of mouse pseudogenes
2020/07/30 21:58
"Allele-specific binding of RNA-binding proteins reveals functional genetic variants in the RNA"を読みます。 早稲田大 松谷
2020/07/30 21:42
"Global reference mapping of human transcription factor footprints"を読みます。 阪大 難波
2020/07/30 21:20
An atlas of dynamic chromatin landscapes in mouse fetal development おだ@慶應
2020/07/30 21:00
Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes
2020/07/30 20:28
”Spatiotemporal DNA methylome dynamics of the developing mouse fetus”を読みます。
2020/07/30 20:09
"A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins"を読みます。福永@東大
2020/07/30 20:08
Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites を読みます。 長崎大 松本
2020/07/30 19:51
発表希望参加者の方はこちらに論文タイトルをお書きください。
07/30/2020 19:49
ENCODE3勉強会 を公開しました！
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